Irmão do Marechal Deodoro da Fonseca, João Severiano era filho de Manoel Mendes da Fonseca e Rosa Maria Paulina da Fonseca, nascido na Vila das Alagoas (atual Marechal Deodoro), em Alagoas, no dia 27 de maio de 1835.

Tinha seis anos de idade quando, em março de 1842, foi levado por sua mãe, junto com mais seis irmãos, a morar com o pai no Rio de Janeiro. Manoel Mendes havia liderado a rebelião contra a mudança da capital para Maceió e aprisionado o presidente da Província, Agostinho da Silva Neves. A revolta durou pouco tempo e graças a um artifício elaborado...