Antonio Francisco de Gouvêa nasceu em Marechal Deodoro no dia 3 de abril de 1863 (ou 6 de abril de 1856), filho de Francisco Severo da Silva Gouvêa e Maria Paula de Gouvêa. Foi encontrado o registro de pelo menos um irmão de nome Manoel Gouveia, que foi comerciante em Marechal Deodoro e faleceu em 1918, aos 64 anos de idade, na Levada em Maceió.

Iniciou seus estudos no Colégio de Nossa Senhora do Carmo, que funcionava em sua terra natal sob a administração do professor Manoel Joaquim de Morais. Concluiu seus estudos em Maceió, incluindo o curso Normal que o habilitou a ensinar.

Ingressou na Faculdade de Medicina da Bahia em 1881, diplomando-se médico em 1887.